SSCI与SCI的关系具有交叉性，既互相联系，又有区别。SSCI对其收录期刊范围的说明中明确告知该数据库中有一部分内容与SCI重复，这是因为学科之间本身有交叉，是社会科学与自然科学相结合的跨学科的研究在文献中的自然反映。另外，SSCI从3400余种自然科学期刊中，通过计算机检索文章主题和引文后，生成一个与社会科学有关的文献目录，此目录再经ISI编委会审核，选择与社会科学密切相关的文献加入SSCI。因此SSCI也收录了相当数量的自然科学文献，二者的交叉关系更为密切。
SCI是美国科学情报研究所(ISI)出版的一种世界著名的期刊文献检索工具，也是当前世界自然科学领域基础理论学科方面的重要期刊文摘索引数据库。SCI是目前国际上三大检索系统中最著名的一种，能反映自然科学研究的学术水平。SCI创建于1961年，其创始人为美国科学情报研究所所长EugeneGarfield(1925-09-15)。它主要收录文献的作者、题目、源期刊、摘要、关键词，不仅可以从文献引证的角度评估文章的学术价值，还可以迅速方便地组建研究课题的参考文献网络。利用它，可以检索数学、物理学、化学、天文学、生物学、医学、农业科学以及计算机科学、材料科学等学科方面自1945年以来重要的学术成果信息。SCI还被国内外学术界当做制定学科发展规划和进行学术排名的重要依据。
SSCI即社会科学引文索引(SocialSciencesCitationIndex)，为SCI的姊妹篇，亦由美国科学信息研究所创建，是世界上可以用来对不同国家和地区的社会科学论文的数量进行统计分析的大型检索工具。1999年SSCI全文收录1809种世界最重要的社会科学期刊，内容覆盖包括人类学、法律、经济、历史、地理、心理学等55个领域。收录文献类型包括：研究论文，书评，专题讨论，社论，人物自传，书信等。选择收录(SelectivelyCovered)期刊为1300多种。
无论是发表SCI期刊还是SSCI期刊，难度都是比较大的，二者既有重叠又有区别，作者在投稿前要弄清楚自己需要发表SCI期刊还是SSCI期刊。
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